Летучие мыши давно считаются одними из самых важных резервуаров разнообразных РНК-вирусов в природе. Однако вирусная экосистема этих животных в различных регионах мира до сих пор остается малоизученной. Исследователи из Китая решили восполнить этот пробел, сосредоточившись на городе Цючжоу в провинции Чжэцзян.
Масштабное картирование вирома
В период с августа по октябрь 2023 года авторы провели метатранскриптомное исследование РНК-вирусов, ассоциированных с летучими мышами. Особое внимание уделялось семействам вирусов, включающим известные зоонозные патогены.
Исследователи собрали образцы с одного места обитания в каждом из шести административных районов города Цючжоу. Видовую идентификацию проводили методом секвенирования гена Cytb, а объединенные образцы тканей кишечника, легких и других внутренних органов подвергали высокопроизводительному секвенированию.
Всего было собрано 167 летучих мышей, представляющих виды Hipposideros armiger и Rhinolophus sinicus. Авторы сформировали 35 объединенных библиотек для анализа.
Семь семейств в одной экосистеме
Результаты исследования оказались впечатляющими по своему разнообразию. Вирусные контиги были отнесены к семи семействам РНК-вирусов: Coronaviridae, Flaviviridae, Astroviridae, Hepeviridae, Hantaviridae, Sedoreoviridae и Arenaviridae.
Семейство Coronaviridae оказалось наиболее распространенным, встречаясь в 97,14% объединенных библиотек. На противоположном полюсе расположилось семейство Sedoreoviridae — всего 2,86% образцов.
Наибольшее семейственное разнообразие показал образец кишечника из района Кэчэн, где исследователи обнаружили представителей пяти вирусных семейств одновременно.
Анализ главных координат (PCoA) и PERMANOVA выявили значительную региональную структуризацию вирусного состава (R² = 0,315, P < 0,001). Интересно, что различия между типами тканей оказались статистически незначимыми (R² = 0,078, P = 0,195).
Филогенетический анализ идентифицировал несколько генетически дивергентных контигов, включая последовательности, родственные Mamastrovirus, и множественные контиги аренавирусов, формирующие отдельные ветви.
Авторы подчеркивают, что полученные результаты следует интерпретировать как базовые доказательства вирусного разнообразия и географической структуризации, а не как подтверждение ассоциации с хозяином, зоонозного потенциала или патогенности. Для окончательных выводов необходимы дополнительные исследования на индивидуальном уровне с независимой лабораторной валидацией.
Это исследование обеспечивает начальный профиль вирома летучих мышей в городе Цючжоу и создает основу для будущих валидационных исследований, завершения геномов и экологических изысканий.