Полиморфизмы типа вставка/делеция (indel) в промоторной области (23 п.н.) и интроне 1 (12 п.н.) гена PRNP крупного рогатого скота оказывают значительное влияние на экспрессию этого гена и восприимчивость животных к губчатой энцефалопатии КРС (BSE). Традиционные методы выявления таких полиморфизмов, основанные на секвенировании ДНК, отличаются трудоемкостью и длительностью. В новом исследовании, опубликованном в журнале Frontiers in Veterinary Science, представлен инновационный подход для быстрой визуальной детекции этих полиморфных локусов.
Простота и эффективность: революция в генотипировании КРС
Авторы исследования разработали метод визуальной детекции полиморфизмов гена PRNP, используя комбинацию мультиферментной изотермической быстрой амплификации (MIRA) с технологией латеральных проточных тест-полосок (LFD). Исследователи сконструировали специфические праймеры MIRA и зонды LFD для гена PRNP крупного рогатого скота с последующей оптимизацией реакционной системы.
Ключевым преимуществом разработанного метода является возможность визуального определения полиморфизмов 12 п.н. и 23 п.н. по наличию или отсутствию окрашенных полос на тест-полосках. Благодаря использованию специфических зондов для каждого локуса на одной дуплексной тест-полоске, анализ позволяет одновременно визуально детектировать и определять гаплотипы обоих полиморфных локусов.
Для подтверждения эффективности метода исследователи протестировали 62 случайно отобранных коммерческих продукта, происходящих от крупного рогатого скота. Результаты генотипирования обоих локусов с использованием нового метода показали 100% соответствие с результатами секвенирования, что подтверждает высокую точность разработанной технологии.
Созданный метод отличается простотой, удобством, высокой специфичностью и легкостью в исполнении. Особенно важно, что для его применения требуется минимальное лабораторное оборудование, что делает технологию доступной для широкого круга пользователей. По мнению авторов исследования, разработанный подход обеспечивает практическую техническую платформу как для селекции крупного рогатого скота с учетом генотипа PRNP, так и для генетического анализа продуктов животноводства.
Данная методика может стать важным инструментом в программах разведения крупного рогатого скота, направленных на снижение восприимчивости к BSE, а также в системах контроля безопасности пищевых продуктов животного происхождения.