Семейство Picornaviridae представляет собой обширную группу вирусов, включающую 68 родов. Пикорнавирусы утиного происхождения классифицируются в четыре рода, однако таксономический статус некоторых недавно идентифицированных штаммов остается неопределенным и требует дополнительного изучения.
В публикации, представленной в журнале Frontiers in Veterinary Science, исследователи сообщают о выделении и характеристике двух вирусных штаммов от племенных уток, страдавших от снижения яйценоскости.
Уникальные геномные характеристики новых пикорнавирусов
С помощью вирусного метагеномного анализа авторы идентифицировали два вирусных штамма (NC0246 и PX0394), демонстрирующих типичную для пикорнавирусов геномную структуру. Особенно примечательно, что оба штамма обладают расширенными последовательностями 2A, каждая из которых содержит семь различных 2A-полипептидов — характеристика, считающаяся редкой в семействе Picornaviridae.
Исследователи отмечают, что штамм NC0246 демонстрирует делецию 73 аминокислот в области, соответствующей 2A4-2A5, по сравнению с PX0394, что указывает на генетическое разнообразие этих пикорнавирусов.
Анализ гомологии показал, что P1-регион штамма NC0246 наиболее близок к вирусу duck aalivirus A1, с идентичностью аминокислот 37,37%. В противоположность этому, P1-регион PX0394 оказался наиболее близок к вирусу синдрома снижения яйценоскости уток (DERSV), с идентичностью аминокислот 64,44%. Кроме того, белки 2C и 3D обоих штаммов (NC0246 и PX0394) были наиболее близки к DERSV.
Филогенетические взаимоотношения
Филогенетический анализ, проведенный авторами исследования, показал, что NC0246 и PX0394 формируют сестринскую кладу с DERSV и duck aalivirus A1, проявляя заметную гетерогенность в P1-белке. Хотя NC0246 и PX0394 ближе всего по ветвлению к DERSV и duck aalivirus A1, вирусы гепатита уток типов 1 и 3, имеющие вторичную гомологию, занимают отдельную линию.
Исследователи подчеркивают, что NC0246, PX0394 и ранее описанный DERSV демонстрируют тесные эволюционные связи с родом Aalivirus на основе геномного и филогенетического анализов, что предполагает потенциальную принадлежность к этому роду.
Данное исследование расширяет наши знания о генетическом разнообразии пикорнавирусов утиного происхождения и потенциально связывает новые вирусные штаммы с проблемой снижения яйценоскости у племенных уток. Авторы подчеркивают необходимость дальнейших исследований для окончательного определения таксономического статуса описанных вирусов и их роли в патологии репродуктивной системы уток.